Ernst Schneller wurde am 8. November 1890 in Leipzig-Eutritzsch als Sohn eines Eisenbahnbeamten geboren. Er war von Beruf Lehrer. Von 1914-1918 leistete er Militärdienst. Bolschewiki machten den jungen Offizier an der Ostfront mit den Ideen der Großen Sozialistischen Oktoberrevolution bekannt. Die Novemberrevolution 1918/1919 übte entscheidenden Einfluss auf seine weitere politische Entwicklung aus. Er wurde Mitglied eines Soldatenrates an der Front.
Ende Januar 1919 kehrte Ernst Schneller nach Deutschland zurück. Als Lehrer in Schwarzenberg (Erzgebirge) schloss er sich zunächst der SPD an. Nach der Niederschlagung des Kapp-Putsches 1920, bei der er die Arbeiterwehr Schwarzenbergs befehligte, trat er der KPD bei. Von 1921-1924 gehörte er den Sächsischen Landtag an, in dem er sich besonders für eine Gestaltung des Bildungswesens im Interesse der Volksmassen einsetzte. Ernst Schneller entwickelte sich zu einem bedeutenden Schulpolitiker der KPD. Hervorragenden Anteil hatte er am Aufbau sowie der Ausbildung und Bewaffnung der proletarischen Hundertschaften in Sachsen, deren Leiter er wurde. Nach der schweren Niederlage der Arbeiterklasse im Herbst 1923 wurde er von der Weimarer Justiz verfolgt. Von 1924-1929 war Ernst Schneller Mitglied der Zentrale bzw. des ZK der KPD und des Politbüros und auch Mitglied der Bundesleitung des Roten Frontkämpferbundes. Auf dem VI. Kongress der Kommunistischen Internationale wurde er zum Kandidaten des Exekutivkomitees gewählt. Von 1924-1933 leitete er die Arbeit verschiedener Abteilungen im ZK der KPD. Im Reichstag, dessen Mitglied er seit 1924 war, gehörte er zu den führenden kommunistischen Parlamentariern und Sachverständigen besonders für Fragen der Außen- und Militärpolitik. Ernst Schneller, ein enger Kampfgefährter Ernst Thälmanns, hatte als fähiger Propagandist, Militärpolitiker und Parlamentarier bedeutenden Anteil an der Erziehung der Arbeiterklasse im Geiste des proletarischen Internationalismus und des wehrhaften Kampfes gegen Militarismus und Faschismus sowie an der Entwicklung der antimilitaristischen Arbeit der Partei in der Polizei und in der Reichswehr. Er enthüllte wiederholt die Geheimrüstungen des deutschen Imperialismus. Immer wieder forderte er die Arbeiterklasse zur Schaffung der Aktionseinheit gegen die drohende faschistische Gefahr auf. Vom Sekretariat des ZK der KPD wurde Ernst Schneller Ende Mai 1932 mit der Leitung der Kommission zur Entwicklung der Antifaschistischen Aktion beauftragt. Er hatte bedeutenden Anteil daran, dass im Sommer 1932 der Naziterror zurückgeschlagen und der Faschisierungsprozess zeitweise gehemmt wurde.
Am 27. Februar 1933, in der Nacht der faschistischen Reichstagsbrandprovokation, wurde Ernst Schneller verhaftet und im November 1933 zu sechs Jahren Zuchthaus verurteilt. Nach der Haft im Zuchthaus Waldheim verschleppten ihn die Faschisten 1939 in das KZ Sachsenhausen. Hier gehörte er zu den führenden Kräften der illegalen Organisation der KPD und des Internationalen Lagerkomitees. Gemeinsam mit dem sowjetischen Generalmajor Alexander Sotow, den Tschechoslowaken Antonin Zapotocky, Jaromir Dolansky und mit anderen namhaften Repräsentanten der ausländischen Häftlinge organisierte Ernst Schneller den Widerstand gegen das faschistische Lagerregime, die Sabotage in den Arbeitskommandos und die Vorbereitung von Maßnahmen zur Selbstbefreiung. Ernst Schneller stand mit der illegalen operativen Leitung der KPD und des antifaschistischen Kampfes in Deutschland in Verbindung. 1944 setzte das Reichssicherheitshauptamt ein Sonderkommando ein, um die Leitung des illegalen Widerstandes im KZ Sachsenhausen zu zerschlagen. Den Massenrepressalien gegen die politischen Häftlinge fiel auch Ernst Schneller zum Opfer.
Am 11. Oktober 1944 wurde er mit 28 deutschen und französischen Antifaschisten von einem SS-Kommando erschossen.