Michael Niederkirchner wurde am 5. September 1882 in Budapest als Sohn eines Steinhauers geboren. Von Beruf war er Maschinenschlosser. 1900 trat er in Budapest der Gewerkschaft und 1903 der SP Ungarns bei. 1905 kam er nach Deutschland und schloss sich der SPD, zu deren linkem Flügel er gehörte, und dem Deutschen Metallarbeiter-Verband (DMV) an. Seit 1906 war er Betriebsvertrauensmann der Berliner Rohrleger und 1914 deren Branchenleiter. Im gleichen Jahr zum Militärdienst in der österreichisch-ungarischen Armee einberufen, geriet er 1915 in russische Kriegsgefangenschaft.
Michael Niederkirchner war 1917 Teilnehmer der Großen Sozialistischen Oktoberrevolution und im April 1918 Delegierter des Kongresses der ausländischen Arbeiter-, Bauern- und Soldatendeputierten. Seit Juni 1918 gehörte er der deutschen Sektion der Kommunistischen Partei Russlands (Bolschewiki) in Moskau an. Im Januar 1919 kehrte Michael Niederkirchner nach Berlin zurück. Er wurde Mitglied der USPD und 1920 der KPD. Seine Haupttätigkeit entfaltete er in der Gewerkschaftsbewegung. Er war von 1920-1929 erneut Branchenleiter der Berliner Rohrleger, 1921-1930 Geschäftsführer des Kommissionsverlages der Roten Gewerkschaftsinternationale (RGI) und seit 1927 Mitglied des ZK der KPD. Unermüdlich setzte sich Michael Niederkirchner für eine proletarische Klassenpolitik der Gewerkschaften ein. Vorbildlich verstand er es, die tagtägliche gewerkschaftliche Kleinarbeit in revolutionärem Geist zu führen. Er wurde einer der populärsten Gewerkschaftsfunktionäre der KPD und bald auch über die Grenzen Deutschlands hinaus bekannt und geachtet. Die reformistische Verbandsleitung schloss ihn und die Berliner Rohrlegerbranche im Juni 1929 aus dem DMV aus. Michael Niederkirchner leitete den Streik der Berliner Rohrleger vom 26. August bis 30. Oktober 1929. Von 1929-1932 gehörte er der Reichsleitung der revolutionären Gewerkschaftsopposition an. Ende 1929 wurde er in das Vollzugsbüro des RGI gewählt, und seit Februar 1930 arbeitete er als stellvertretender Generalsekretär und Leiter des Vollzugsbüros der RGI in Moskau. Im Oktober 1930 kehrte er nach Deutschland zurück.
Am 28. Februar 1933 wurde Michael Niederkirchner verhaftet, ins Gefängnis Berlin-Spandau gebracht, danach in die Konzentrationslager Sonnenburg und Lichtenburg verschleppt und am 13. Juni 1934 als „lästiger Ausländer“ ausgewiesen. Er ging nach Moskau. Dort arbeitete er in der RGI und im Zentralvorstand der Sowjetgewerkschaften. Seit 1941 musste er, schwer erkrankt, seine politische Tätigkeit einschränken. In Presse und Rundfunk rief er die deutschen Arbeiter zum antifaschistischen Kampf auf. Schwer traf ihn der Verlust seiner Tochter Katja, die 1943 als Partisanin nach Deutschland kam. Sie wurde nach ihrer Gefangennahme am 28. September 1944 im KZ Ravensburg ermordet.
Im November 1945 kehrte Michael Niederkirchner nach Deutschland zurück und setzte sich für die Schaffung einheitlicher Gewerkschaften auf revolutionärer Grundlage ein. Im Juni 1946 war er Mitbegründer der Industriegewerkschaft Metall, er wurde Mitglied des Sekretariats des Zentralvorstandes und Schulungsleiter. Seit 1946 gehörte er dem Bundesvorstand des FDGB an.
Michael Niederkirchner starb am 19. August 1949.