Theodor Neubauer wurde am 12. Dezember 1890 in Ermschwerd bei Witzenhausen (Werra) als Sohn eines Gutsinspektors geboren. Er studierte in Brüssel, Jena und Berlin Geschichte und neuere Sprachen und promovierte 1913. Die Erlebnisse des ersten Weltkrieges bewirkten seine Wandlung vom Kriegswilligen zum entschiedenen Gegner des imperialistischen Krieges und seiner Urheber. Nach kurzer Mitgliedschaft in der Deutschen Demokratischen Partei schloss sich Theodor Neubauer 1919 der USPD an und kämpfte auf deren linken Flügel für die Vereinigung mit der KPD. Von 1917-1923 arbeitete er als Lehrer, zunächst in Erfurt, danach in Ruhla und Weimar.
Seine ganze Liebe galt der Jugend, die er über die Schulstunden hinaus politisch zu bilden verstand. Von 1921-1923 war er Mitglied der Bezirksleitung Thüringen der KPD und Mitglied des Thüringer Landtages. 1923 leitete er die proletarischen Hundertschaften Thüringens und gehörte als Staatsrat der von linken Sozialdemokraten und Kommunisten im Herbst gebildeten Arbeiterregierung Thüringens an. Nach deren Zerschlagung wurde Theodor Neubauer steckbrieflich verfolgt. Er ging auf Beschluss der Parteiführung nach Düsseldorf und arbeitete hier bis 1929 als Chefredakteur der „Freiheit“ sowie als Politischer Sekretär der Bezirksleitung Niederrhein der KPD. Seit 1924 gehörte er dem Reichstag an und entwickelte sich zu einem der führenden kommunistischen Reichstagsabgeordneten. Als Sachverständiger für Steuer- und Haushaltsfragen sowie für außenpolitische Probleme arbeitete Theodor Neubauer seit 1929 im ZK der KPD. 1931/1932 entlarvte er im Reichstag die volksfeindliche Außenpolitik des deutschen Imperialismus und legte die Grundsätze einer proletarischen Außenpolitik Deutschlands dar. Leidenschaftlich setzte er sich für den Zusammenschluss aller Werktätigen im Kampf gegen die faschistische Gefahr ein. Noch im Februar 1933, unmittelbar vor dem Reichstagsbrand, versuchte er im Auftrag der Parteiführung mit der Leitung der sozialdemokratischen Reichstagsfraktion ein gemeinsames Vorgehen im neuen Reichstag gegen die faschistische Diktatur zu vereinbaren.
Im August 1933 verhaftete die Gestapo Theodor Neubauer während seiner illegalen Tätigkeit. Bis 1939 wurde er in den Zuchthäusern Berlin-Plötzensee und Brandenburg sowie in den Konzentrationslagern Lichtenburg und Buchenwald gefangengehalten. In Lichtenburg und und Buchenwald gehörte der Leitung der illegalen Lagerorganisation der KPD an. Nach seiner Entlassung im Jahre 1939 wohnte er in Tabarz (Thüringen). Theodor Neubauer stellte Verbindungen zu illegal arbeitenden Kommunisten und Parteizellen her und begann, sie zusammenzufassen. Seit Januar 1942 arbeitete er mit Magnus Poser zusammen, der die illegale Organisation der KPD in Jena leitete. Beiden gelang es, wieder eine illegale Bezirksleitung Thüringen der KPD zu schaffen. Diese organisierte die Störung der Kriegsproduktion in den Betrieben, orientierte auf die Zusammenarbeit mit Kriegsgefangenen und ausländischen Zwangsarbeitern und leistete Aufklärungsarbeit unter Angehörigen der Wehrmacht. Sie arbeitete eng mit den illegalen Organisationen der KPD in Berlin-Brandenburg, Magdeburg-Anhalt und Sachsen zusammen. 1943/1944 gehörte Theodor Neubauer gemeinsam mit Bernhard Bästlein, Franz Jacob, Anton Saefkow, Georg Schumann und Martin Schwantes der illegalen operativen Leitung der KPD und des antifaschistischen Kampfes in Deutschland an. Theodor Neubauer war Mitautor der 1943 und 1944 von der operativen Leitung ausgearbeiteten programmatischen Dokumente für den Kampf der Kommunisten in Deutschland gegen den Faschismus sowie für die revolutionäre Umgestaltung Deutschlands nach dem Sturz des Hitlerregimes. Am 14. Juli 1944 verhafteten die Faschisten Theodor Neubauer erneut. Nach grausamen Misshandlungen wurde er am 8. Januar 1945 vom „Volksgerichtshof“ zum Tode verurteilt und am 5. Februar im Zuchthaus Brandenburg hingerichtet.